1、结局：明日香因终日抑郁而陷入昏迷的状态，新出现的少年渚薰取代她作为二号机的驾驶员。真嗣最初同薰成为好友，但之后发现他其实是最后的使徒。薰同真嗣对战，之后意识到如果人类要茁壮成长，他自己就必须死，并要求真嗣杀了他。真嗣在犹豫过后最终杀死了薰。
2、这一行为引发了人类的强制进化，被称为“人类补完计划”，所有人类的灵魂都将被合并成一个。在最后一集中，真嗣的灵魂在精神上扭转了他自身存在的理由，并达到一种顿悟，使他能够摧毁整部片中折磨着他的由消极态度和情感所组成的墙。在结尾，真嗣笑着感谢大家，而其他人也都为他鼓掌。